Podejmując działania mające na celu pomoc dziecku cierpiącemu na fobię szkolną, warto spróbować poszukać ewentualnych przyczyn odpowiedzialnych za tę jakże niekomfortową dla dziecka sytuację. Etiologia tego rodzaju fobii nie jest jednak taka jednorodna i jednoznaczna. Można wyróżnić kilka przyczyn/zjawisk, które znacznie podwyższają ryzyko wystąpienia tego typu zaburzeń nerwicowych. Na pierwszym miejscu należałoby wspomnieć o lęku separacyjnym, który rodzi się w młodym człowieku na skutek jakiejkolwiek rozłąki z bliską osobą, jaką w tym przypadku jest najczęściej sam rodzic.
Zjawisko to odnosi się przede wszystkim do dzieci wrażliwych, które posiadają silną więź z rodzicami. Innym, bardzo zresztą niepokojącym powodem fobii szkolnej, jest skłonność dziecka do zachowań perfekcjonistycznych. Takie dzieci już od najmłodszych lat stawiają sobie wysokie wymagania, którym trudno jest im potem sprostać. Niejednokrotnie, powodem lęku przed szkołą jest nieprzyjazne, wręcz patologiczne środowisko rówieśników, które dopuszcza się używania przemocy zarówno fizycznej, jak i psychicznej.
